التحق بأكاديمية لويولا في ويلميت، إلينوي، وتخرج منها عام 1994.تخرج من جامعة جورج تاون في واشنطن العاصمة عام 1999. تخصص في اللغة الإنجليزية.بعد وقت قصير من تخرجه من جامعة جورج تاون، عمل جوناثان نولان كمساعد إنتاج في فيلم Memento (2000).كتب القصة القصيرة "Memento Mori" التي استند إليها فيلم Memento (2000).شارك مع شقيقه كريستوفر نولان في تأليف أفلام The Prestige (2006)، وThe Dark Knight (2008)، وThe Dark Knight Rises (2012). شارك أيضًا في كتابة Terminator Salvation (2009).