أحد أكثر كتاب السيناريو إنتاجًا في نوع الحركة/المغامرة، بدأ جوناثان مسيرته المهنية في كتابة حلقات The Young Indiana Jones Chronicles (1992) لجورج لوكاس وABC. هو كتب تموت بشدة مع الانتقام (1995) ، أعيد تصوره من نص المواصفات الأصلي "Simon Says". تبع ذلك بفيلم جومانجي (1995). تمت إعادة كتابة السيناريو الخاص به لفيلم "القديس" (1997) بالكامل من قبل الآخرين. بعد هذا الإحباط، تمتع بصداقة عمل طويلة مع المنتج جيري بروكهايمر الذي تعاون معه في العديد من المشاريع منذ عام 1996. أعاد كتابة السيناريو بأكمله لفيلم The Rock (1996) بدون رصيد، وهو ما حاول يائسًا تحقيقه من خلال تحكيم WGA.قام بإعادة الكتابة غير المعتمدة على Con Air (1997) وإعادة إنتاج فيلم Gone in 60 Seconds (2000) وحصل على اعتمادات المنتج التنفيذي في كليهما. هرمجدون (1998)، من فكرة جوناثان الأصلية، كانت المرة الثانية التي يحقق فيها جوناثان أعلى فيلم ربحًا في جميع أنحاء العالم في شباك التذاكر. الآخر كان تموت بشدة مع الانتقام (1995).