ولد جوناثان سكوت فريكس في بلفونتي، وسط ولاية بنسلفانيا. وهو نجل دوريس ج. (ينجلينج) والدكتور جيمس ر. فريكس الأستاذ. انتقل والديه مع جوناثان وشقيقه الأصغر دانيال إلى بيت لحم في شرق ولاية بنسلفانيا. هناك، قام والده بتدريس اللغة الإنجليزية في جامعة ليهاي، حيث شغل كرسي فيرتشايلد في الأدب الأمريكي حتى وفاته في عام 2002. فريكس من أصول ألمانية وبعض الإنجليزية.أثناء نشأته، تعرف جوناثان على موسيقى الجاز من قبل والده وبدأ العزف على الترومبون عندما كان في الصف الرابع. عندما كان طفلاً، كان جوناثان دائمًا ودودًا ومضحكًا وممثلًا إلى حد ما وفقًا لصديق الطفولة. في المدرسة الثانوية لعب في الفرقة وركض في المضمار. تخرج من مدرسة الحرية الثانوية في بيت لحم عام 1970. وفي اليوم التالي لتخرجه بدأ الدراسة في جامعة ولاية بنسلفانيا، وسجل في تخصص علم النفس. في الصيف التالي عمل كمرشد للمسرح المحلي ولاحظ أن أقرانه يستمتعون تمامًا بالتمثيل. كان متحمسًا لتحويل تخصصه إلى فنون المسرح وتخرج بدرجة البكالوريوس في عام 1974.في هذه المرحلة قرر الانتقال إلى مدينة نيويورك ومحاولة جعله ممثلاً. لم تكن الأدوار تأتي بسهولة، لذا اضطر إلى تولي وظائف جانبية، مثل نادل، ومحرك أثاث (حيث أصيب في ظهره)، ومهمة كابتن أمريكا في Marvel Comics. في هذه الأثناء فاز بأدوار في مسرحية برودواي الموسيقية "شيناندواه" وفي المسلسل التلفزيوني "الأطباء" (1969) بصفته المخضرم الفيتنامي توم كارول من عام 1977 إلى عام 1978. وبناءً على طلب وكيله، انتقل جوناثان إلى لوس أنجلوس في أواخر عام 1978 ليجرب حظه في الظهور كضيف تلفزيون. قام بدور الضيف في العديد من العروض الكبيرة في وقت الذروة في ذلك الوقت، بما في ذلك ملائكة تشارلي (1976)، جزيرة الخيال (1977)، بارنابي جونز (1973)، كوينسي، إم إي (1976)، الطريق السريع إلى الجنة (1984)، والتونز (1972)، ودوقات هازارد (1979).خلال الثمانينيات، حصل جوناثان على دور البطولة في مسلسل تلفزيوني في وقت الذروة، Bare Essence (1983)، والذي أدى إلى ظهور مسلسل قصير ناجح يحمل نفس الاسم. لكن العرض لم ينطلق مع المشاهدين وسرعان ما تم إلغاؤه. عاد إلى الظهور كضيف لمدة عامين آخرين حتى حصل على دور ستانلي هازارد في ملحمة الحرب الأهلية North & South: Book 1, North & South (1985). بعد قضاء أكثر من ستة أشهر في التصوير في جميع أنحاء جنوب الولايات المتحدة، وقع هو وشريكته النجمة جيني فرانسيس في الحب (كان قد التقى بها قبل ثلاث سنوات عندما شاركا في بطولة فيلم Bare Essence (1983)). خلال ذلك الوقت، لم يكن له هو وجيني علاقة كبيرة ببعضهما البعض، بخلاف السخرية من شعرها، وفقًا لها. ولكن بعد ثلاث سنوات كانوا عنصرا.في أوائل عام 1987، ذهب جوناثان إلى اختبار أداء لمسلسل تلفزيوني جديد بناءً على طلب زوجته التي ستصبح قريبًا وعائلتها. بعد ستة أسابيع وسبعة اختبارات أداء، فاز بالدور الذي سيجلب له الشهرة العالمية: دور القائد ويليام ريكر في ستار تريك: الجيل القادم (1987). في هذا الوقت، أعلن هو وجيني خطوبتهما. كان عليهما تأجيل حفل زفافهما مرتين بسبب وظيفته لكنهما تزوجا أخيرًا في توقف الموسم الأول في 28 مايو 1988. وحضر جميع النجوم المشاركين الجدد حفل الزفاف، إلى جانب مبتكر ستار تريك (1966) جين رودينبيري. خلال السنوات السبع التي لعب فيها فريكس دور البطولة في فيلم Star Trek: The Next Generation (1987)، لم يقتصر الأمر على التمثيل فحسب، بل اكتشف أن لديه موهبة في الإخراج. أدار ثماني حلقات في المجمل وتمت دعوته لتوجيه المسلسلات العرضية للجيل القادم، Star Trek: Deep Space Nine (1993) وStar Trek: Voyager (1995).في اليوم التالي لعيد ميلاده الثاني والأربعين، في 20 أغسطس، ولد ابنه جيمسون إيفور فريكس. تم تسمية جيمسون على اسم أجداده الراحل جيمس فريكس والممثل الراحل إيفور فرانسيس والد جيني. خلال هذا الوقت، رفض جوناثان العمل بالفعل، مفضلاً البقاء في المنزل وتربية ابنه مع زوجته. على مدار العامين التاليين، ظهر في عدد قليل من الضيوف على شاشات التلفزيون.في عام 1996 أُعلن أنه سيكون مخرج فيلم Star Trek التالي، Star Trek: First Contact (1996). حصل على إشادة من النقاد لعمله في الفيلم وأصبح الإدخال الأعلى ربحًا للامتياز حتى الآن. أسس شركة إنتاج، Goepp Circle Productions، سميت على اسم الشارع الذي كان يعيش فيه في بيت لحم، بنسلفانيا. بعد يومين فقط من ذكرى زواجه التاسعة في عام 1997، ولدت إليزابيث فرانسيس فريكس. للأسف قبل أسبوعين فقط، توفي دانيال، شقيق جوناثان، بسبب سرطان البنكرياس. في عام 1998 طُلب منه إخراج فيلم ستار تريك التاسع، ستار تريك: التمرد (1998). بعد مراجعات مختلطة لهذا الفيلم، واصل الإخراج في الأفلام والتلفزيون، وعمل في عدد قليل من الأدوار غير ستار تريك، ولعب دور البطولة في فيلم ستار تريك العاشر، ستار تريك: العدو (2002).