ولدت إميلي واتسون ونشأت في لندن، وهي ابنة كاثرين (فينابلز)، مدرس اللغة الإنجليزية، وريتشارد واتسون، مهندس معماري. بعد أن وصف نفسه بأنه نشأة محمية، التحق واتسون بالجامعة لمدة ثلاث سنوات في بريستول، حيث درس الأدب الإنجليزي. تقدمت بطلب إلى مدرسة الدراما ورُفضت في محاولتها الأولى.وبعد ثلاث سنوات من العمل في وظائف كتابية ونادلة، تم قبولها أخيرًا. في عام 1992، تولت منصبًا في شركة شكسبير الملكية حيث التقت بزوجها المستقبلي جاك ووترز. استمرارًا للعمل المسرحي، حصلت واتسون على أول دور لها على الشاشة في دور بيس ماكنيل في فيلم Breaking the Waves (1996) بعد انسحاب هيلينا بونهام كارتر من الدور. لهذه المغامرة الأولية في الأفلام، تم ترشيح واتسون لجائزة الأوسكار. واصلت تحقيق النجاح في بريطانيا في الأدوار القيادية في فيلم Metroland (1997) وThe Mill on the Floss (1997)، لكن أول فيلم شعبي لها في الولايات المتحدة جاء في عام 1997 عندما لعبت دور دانيال داي لويس الذي طالت معاناته في فيلم The Boxer (1997).في العامين التاليين حصلت على إشادة من النقاد لتجسيدها دور عازفة التشيلو جاكلين دو بري في هيلاري وجاكي (1998) وحصلت على دور صغير في طاقم الممثلين لتيم روبينز في فيلم Cradle Will Rock (1999). اجتمعت الإشادة النقدية والنجاح في أمريكا الشمالية معًا لـ Watson في عام 1999 مع إصدار Angela's Ashes (1999)، وهو الفيلم المقتبس عن كتاب فرانك ماكورت الأكثر مبيعًا والذي يحمل نفس الاسم. لقد حققت أعلى الفواتير بدور أنجيلا ماكورت، الأم المجتهدة للعديد من الأطفال وزوجة زوج مخمور في أيرلندا في عصر الكساد. بعد أدوار أقل شهرة في عام 2000 في فيلم Trixie (2000) وThe Luzhin Defense (2000)، عاد واتسون مرة أخرى إلى طاقم الممثلين في فيلم Gosford Park للمخرج روبرت ألتمان (2001).تم تعزيز مكانة واتسون كممثلة رائدة في إنتاجات هوليوود الكبرى في عام 2002 من خلال أدوارها في فيلم Red Dragon (2002)، وهو الجزء الثالث من سلسلة هانيبال ليختر لتوماس هاريس؛ التوازن المستقبلي (2002); وعلى الأخص في فيلم Punch-Drunk Love (2002) للمخرج بول توماس أندرسون، حيث لعب أمام آدم ساندلر. أثناء عودته إلى المسرح في عامي 2002 و2003 على جانبي المحيط الأطلسي، أعرب واتسون عن اهتمامه بالعمل مرة أخرى مع أندرسون. تعيش إميلي واتسون في لندن، إنجلترا، المملكة المتحدة، مع زوجها جاك ووترز.